本次审计发现，有348个项目单位挤占挪用、虚报冒领“三款科目”资金16.17亿元，占延伸审计资金额的2.6%。其中：102个项目单位编造虚假申报材料，套取、骗取“三款科目”资金5.56亿元;29个项目单位挤占、挪用“三款科目”资金2.26亿元用于生产经营、业务经费等支出;由于主管部门审核不严、第三方评审机构未尽责等，造成217个项目单位以“报大建小”、重复申报等方式违规获得“三款科目”资金8.35亿元。此外，还发现有些项目没有达到预期的政策目标。
审计指出后，有关地方部门和项目单位已将被挤占挪用的资金归还原资金渠道2.05亿元，收回被套取骗取的资金2.14亿元。审计向司法机关移送案件线索29起，涉案人员41人，目前正在依法查处之中。上述问题涉及的项目详细情况见如下。
