和上下游厂商产品的兼容性不好，是国产基础软件在行业用户中大规模推广和应用的一大障碍。如何解决这一问题呢?行业专家曹开彬认为，解决这一问题的关键在于：国产基础软件提供商要建立起自己主导的国产软件联盟和生态系统。
国产基础软件提供商应该主动地建立一个有生命力的国产软件联盟，和上下游的软硬件厂商建立起相互认证的机制，建立起丰富的、可持续发展的国产基础软件生态系统。建立这个生态系统，关键点在于，国产基础软件提供商要在这方面有具体的投入，并且有相应的组织和人员保障体系。例如，为了使各种主流的应用软件厂商都能支持国产的数据库、操作系统、中间件，国产基础软件厂商们应该推出相关的资金支持措施：如果某应用软件厂商支持某个国产数据库，则该国产数据库厂商可给予该应用软件厂商一定的市场经费或研发经费支持。只有这样，应用软件提供商才有积极性对国产基础软件进行兼容性支持，才有积极性参与到国产基础软件提供商主导的国产软件生态系统。
现在也有一些名义上的国产软件联盟，但这些联盟基本都只停留在“名义”上，几乎没有什么实质性的推动作用。造成这种情况的原因在于两点，一是国产基础软件提供商没有发挥主动性与主导性作用，一是没有专项的资金来推动联盟和生态系统的持续发展。
当前，核高基等重大科技专项正在实施。这是一个国产基础软件提供商们建立国产软件生态系统的好时机。参与到核高基项目的基础软件厂商，应该拿出一部分专门的经费，并借着核高基课题的名义，建立起自己主导的生态系统。只要国产基础软件厂商们安排专门的人员运作此事，肯定能在一至两年之内取得显著成效
