南水北调中线工程计划于今年汛后正式通水。为防范水源地及输水过程水质污染，北京市南水北调办公室建立全方位水质监测预警体系，采用自动监测、实验室监测、应急移动监测相结合方式，利用技术和生物多种手段，严格监控来水水质，确保“清水”进京。
据北京市南水北调办水环境监测室工程师袁博宇介绍，除国家在水源地和中线总干渠进行水质监测外，北京作为终端受水区目前也在北京永定河大宁调压池等来水关键地段设立了水质自动监测站，每小时进行来水监测，利用网络平台及时发出预警。同时，在江水进京前的河北保定市易县七里庄设立“前哨站”“一旦水质出现污染异常，就能在入京前及时采取应急措施。”
根据远期规划，至2020年南水北调北京段及其附属工程将建成27个自动监测站。袁博宇说，现在一些监测站正在陆续建设中。为拒“问题水”于“门外”，北京还将在“南水”进京的首道防线惠南庄泵站处增建一座大型水质自动监测站。“建成后，不仅可监测一些常规项目，重金属、有毒有害类物质的参数指标也都将被纳入。”
同时，江水进京后，监测实验室的监测指标有望从目前53项扩至国家地表水环境质量标准109项，监测断面将达34个，可更全面反映取样区水质情况。此外，在水质监测中还将增加生物预警措施。
