2008年金融危机以来，面对极其复杂的国际国内经济形势，中国水电坚持以科学发展观为指导，积极适应公司改制的新变化、新挑战，创新体制机制、规范管理流程、强化激励约束、强化风险管理、提高管理效率，推动企业科学发展。
创新构建适宜型管理体制。公司整合集团内的优势资源和力量，构建了适应结构调整优化的组织结构和业务架构。组建了专业化公司和投资性公司，打造了非水电工程承包、国际业务和投资业务专业化队伍。构建了4个事业部和3个国际业务区域总部及海西区域总部。调整明确了子公司主业结构。加强了两级总部建设，总部的管理和管控能力有较大提高。开展了内部管理体制改革工作，理顺了子企业内部各级次之间的管理关系，在经营规模不断扩大的情况下，公司总体的管理级次基本控制在三级以内。
创新规范化管理制度。公司建立了规范的股份公司治理结构和管理体制，推进了规范的董事会建设，制订完善了各项议事规则和基本制度，明确了决策、执行、监督等方面的职责权限，形成了有效的运作、监督、管理机制并规范运作，进一步提升了公司治理水平，增强了发展的动力和活力，公司实现了从传统企业制度到现代企业制度的体制变革。公司以完善现代企业治理规范化为出发点修订完善了134项管理制度。为了能够及时了解公司经营状况、把握公司经营方向，公司建立了季度经营活动分析会议制度;为促进公司总体履约能力的提升，公司在建筑类央企总部层面率先建立了顾客意见反馈制度;为实现公司外生性增长、提高社会资源的利用效率，公司在央企建筑企业总部层面建立了以分包商履约诚信体系、分包商黑名单制度为基础的分包商资源库管理制度。
创新考核导向机制。为落实转型战略，公司创造性的建立了企业双维度业绩考核评价体系。该体系可概括为“一个模型”、“双子体系”和“三个支点”。“一个模型”就是《企业业绩考核评价体系》;“双子体系”是考核评价模型的两个子体系，即业绩考核子体系和管理评价子体系;“三个支点”是考核评价模型的作用和功能，即考核兑现、企业评级、科学用人。该体系以企业持续成长为导向，通过业绩考核与管理评价实现战略引领，引领子公司既注重企业当期经营成果，又注重企业的长远发展，将有力的保障企业的平稳持续发展和战略目标实现。
完善经营风险防范机制。公司把增强风险意识、规范风险管理，作为推进经营管理上水平的重要保障。针对2008年国际金融危机面临的及其复杂的国际国内经济形势，公司大力实施“三控三强一确保”的风险管控措施。“三控”即严控企业资产负债率上升、严控规模无效增长、严控现金流量发生异常。“三强”即强化集团风险管控、强化精益化项目管理、强化基础设施承包业务的开拓及创收。“一确保”即确保公司在高风险期持续稳步发展。“三控三强一确保”风险防范措施针对企业改革发展中的突出问题，切合自身实际，形成了一套完整的、系统性的、适应性强的风险管理解决方案。2010年，公司依据国资委统一部署，按照“统筹规划、分步实施”的原则和横向覆盖到边、纵向延伸到底的工作要求，全面启动了公司的风险管理与内部控制体系建设工作，建立了总部风险管理与内部控制组织体系，对管理流程进一步进行了梳理，防范防控风险能力进一步得到明显提高。
企业管理创新取得新成果。依托公司科学管理委员会，促进了管理创新对公司管理水平的提升。公司把科学管理委员会作为总结、提炼公司管理理论创新和应用创新的理论指导、提升管理工作的效率的平台，推进了公司管理上水平，推进了世界一流公司建设的步伐。公司2010年组织开展了以“管理上水平，创效增能力”为总体目标、以“一个中心、两个狠抓、三个结合”为主要内容的“管理创效年”活动，整体效果良好。公司以活动开展为抓手，寻找管理短板、加强基础管理、规范治理结构，开展管理创新、再造管理架构、集成推广活动成果、推动活动成果转化为生产力，切实提高了企业的管理水平，有力保障了公司全年生产经营指标的全面超额完成。近年来，公司有6项管理创新成果被评为全国企业管理现代化创新成果、28项管理创新成果被评为电力行业管理现代化创新成果。
